Posted by HTMLとCSSはある程度学習済みであれば、Webサイトを作ること自体は問題ないと思いますが、動的なサイトの構築をするにあたり、掲題の疑問を持っている方が多いのではないでしょうか。
私もその中の一人で、いろいろと調べてみたところJQueryからでいいよって人もいれば、最初はJQueryからの勉強はやめたほうがいいという人もいます。
最後に、思ったのがjQueryは、あくまでJavaScriptのコーディングを強力に支援するライブラリなので、JavaScriptがあってこそ、JQueryがあるってことを考えたら、やはり後にJQueryに手を付けたほうが良いと思いました。
毎日深夜まで勉強するのは大変ですが、仕事ができると言われるようになるために、やるしかないですね。